1950年建中子鄉(xiāng)，設小屯村。

1958年轉斗鄉(xiāng)并入后成立中子人民公社，小屯村更名為小屯大隊。

1961年分出原轉斗鄉(xiāng)境成立轉斗人民公社。

1984年中子人民公社更名為中子鄉(xiāng)，中子人民公社小屯大隊更名為中子鄉(xiāng)小屯村，同時設立中子鄉(xiāng)小屯村村民委員會，境域未變。

1992年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，中子鄉(xiāng)與轉斗鄉(xiāng)合并成立中子鎮(zhèn)，中子鄉(xiāng)小屯村村民委員會更名為中子鎮(zhèn)小屯村村民委員會。

1995年原轉斗鄉(xiāng)從中子鎮(zhèn)析出復置轉斗鄉(xiāng)，小屯村隸屬中子鎮(zhèn)，此后境域一直未變。

2020年5月南埡村與小屯村合并為小屯村，撤銷南埡村村民委員會，設立小屯村村民委員會，隸屬隸屬中子鎮(zhèn)。