解放后，設立水磨溝行政村。

1960年5月，巴塘縣全面開展人民公社化運動；同年9月，設立水磨溝生產(chǎn)大隊管理委員會，簡稱水磨溝生產(chǎn)大隊、水磨溝大隊。

1966年5月，我國“文化大革命”開始，1972年5月，更名為水磨溝生產(chǎn)大隊革命委員會。

從1978年11月黨的十一屆三中全會開始，對我國“文化大革命”的錯誤進行撥亂反正；1981年6月，復名水磨溝生產(chǎn)大隊管理委員會。

1983年10月，我國實行政社分設；1984年7月，撤銷水磨溝生產(chǎn)大隊管理委員會，選舉產(chǎn)生水磨溝村民委員會，簡稱水磨溝村委會。