唐代時(shí)期，境域設(shè)大射戍，因系屯兵儲(chǔ)糧基地，遂為重鎮(zhèn)。

宋代時(shí)期，屬蓬萊縣沙門寨地。

明代時(shí)期，屬蓬萊縣沙門社。

清道光年間（1821年—1850年），在南長(zhǎng)山島上設(shè)4社。

民國(guó)十七年（1928年），為長(zhǎng)山八島民政局所轄。

民國(guó)二十三年（1934年），改社為鄉(xiāng)。

民國(guó)三十四年（1945年），長(zhǎng)山島軍政辦事處撤鄉(xiāng)建區(qū)，南長(zhǎng)山島各村屬?gòu)R島區(qū)；同年11月，將南、北長(zhǎng)山自廟島區(qū)劃出建玉石區(qū)。

民國(guó)三十六年（1947年），南長(zhǎng)山島劃為中正、中山2鄉(xiāng)。

1949年，成立玉石鄉(xiāng)。

1956年，成立長(zhǎng)島縣，境域仍為玉石鄉(xiāng)。

1958年11月，長(zhǎng)島縣并入蓬萊縣，為長(zhǎng)島公社玉石大隊(duì)。

1963年6月，復(fù)置長(zhǎng)島縣，改設(shè)南長(zhǎng)山公社。

1982年，撤銷南長(zhǎng)山公社，設(shè)立長(zhǎng)島鎮(zhèn)。

1984年，更名南長(zhǎng)山鎮(zhèn)。

2010年12月，撤鎮(zhèn)設(shè)南長(zhǎng)山街道。