據(jù)《清實(shí)錄寧夏資料輯錄》記載：雍正七年潤七月癸未（公元1729年9月3日），辦理陜西寧夏河渠工兵部侍郎通智疏報(bào)：“寧夏等屬修浚之大渠并六羊改渠，一切工程告竣……請(qǐng)定兩渠佳名”。

得旨：大渠著名“惠農(nóng)渠”。

1941年，寧夏省劃平羅縣的王泉溝、高莊、惠北、靈沙等地及其以北地區(qū)置縣，因位于惠農(nóng)渠梢段而取名“惠農(nóng)縣”。

1960年3月，撤縣設(shè)置為石嘴山市。

1976年成立石嘴山市轄郊區(qū)。

1987年國務(wù)院批準(zhǔn)將原石嘴山市郊區(qū)恢復(fù)為惠農(nóng)縣，惠農(nóng)地名遂沿用至今。

惠農(nóng)區(qū)是2003年12月31日，經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)（國函[2003]139號(hào)）撤銷石嘴山市惠農(nóng)縣和石嘴山區(qū)設(shè)立惠農(nóng)區(qū)。

2004年1月30日，自治區(qū)人民政府下發(fā)（寧政發(fā)[2004]7號(hào)）《關(guān)于撤銷石嘴山市石嘴山區(qū)和惠農(nóng)縣設(shè)立石嘴山市惠農(nóng)區(qū)的通知》文件，撤銷石嘴山市石嘴山區(qū)和惠農(nóng)縣，設(shè)立石嘴山市惠農(nóng)區(qū)。