余干，秦始皇二十六年(公元前221年)建縣,訖今已有2231年歷史。

以境處余水之干得名為余干縣。

西漢初名余汗縣，屬豫章郡，治所即今玉亭鎮(zhèn)。

王莽始建國(guó)初年（9）改名治干縣。

三國(guó)吳稱(chēng)余汗縣，改屬鄱陽(yáng)郡。

南朝宋永初年間改名余干縣。

南齊又復(fù)名余汗縣。

隋開(kāi)皇九年（589）又改稱(chēng)余干縣，屬饒州。

元元貞二年（1296）升為余干州，屬饒州路。

明洪武初改為余干縣，屬饒州府。

民國(guó)時(shí)期，先后屬潯陽(yáng)道，江西省第四行政區(qū)，第六行政區(qū)。

1949年5月7日余干解放后，先后屬鄱陽(yáng)專(zhuān)區(qū)、樂(lè)平專(zhuān)區(qū)、浮梁專(zhuān)區(qū)，1952年改屬上饒專(zhuān)區(qū)。

1968年上饒專(zhuān)區(qū)改稱(chēng)上饒地區(qū)，2000年10月上饒地區(qū)撤區(qū)設(shè)市，余干縣屬上饒市管轄。