明朝末年形成自然村落，屬荊門縣管轄；清順治三年（1646）屬安陸府荊門州管轄；1912年屬襄陽道荊門縣管轄，同年廢除安陸府，屬湖北省第四行政督察區(qū)管轄；1932年屬湖北省第六行政督察區(qū)管轄；1936年4月屬遠安縣蘇黃區(qū)管轄；1949年屬荊鐘宜縣栗東區(qū)管轄；1950年屬荊門縣栗溪（第十二區(qū)）關壇鄉(xiāng)管轄；1955年成立三元初級農業(yè)生產合作社；1956年3月并入關廟高級農業(yè)生產合作社，10月從關廟分出建三元高級農業(yè)生產合作社，屬關壇鄉(xiāng)管轄；1958年設三元大隊，屬高峰人民公社管轄；1959年屬栗溪人民公社管轄；1961年恢復區(qū)建制，屬栗溪區(qū)管轄；1975年3月并入前進大隊（現(xiàn)姚河村），屬姚河公社管轄；1978年10月從前進大隊分出，仍稱三元大隊，屬栗溪公社管轄；1984年三元大隊更名為三元村村民委員會，屬栗溪區(qū)管轄；1986年4月與姚河村、匡坡村合并為姚河村，同年10月分出仍稱三元村，屬姚河鄉(xiāng)管轄；2001年姚河鄉(xiāng)撤歸栗溪鎮(zhèn)，屬栗溪鎮(zhèn)管轄至今。