西漢時期，設馬嶺縣，為北地郡治。

隋大業(yè)八年（612年），復設。

唐沿之。

五代后梁時期，廢縣為鎮(zhèn)。

清雍正八年（1730年），由環(huán)縣劃歸安化縣。

民國二十五年（1936年）中國工農紅軍西征后，設立馬嶺區(qū)（屬曲子縣）。

民國三十六年（1947年）2月至民國三十八年（1949年）4月，國民黨在此設鄉(xiāng)。

1949年，設曲子縣馬嶺區(qū)。

1950年6月，劃入慶陽縣，設馬嶺區(qū)、馬嶺鄉(xiāng)。

1958年4月，撤銷馬嶺區(qū)，馬嶺、翟家河、蔡家廟、三十里鋪鄉(xiāng)合建為阜城公社。

1961年5月，撤銷阜城公社，設立馬嶺公社。

1965年2月，翟家河、阜城、蔡口集公社部分大隊并入馬嶺公社。

1980年5月，析置翟家河公社。

1983年12月，馬嶺公社改鄉(xiāng)。

1985年1月，改馬嶺鎮(zhèn)。