明代，屬云篆里。

清康熙四十六年（1707年），為孝里；清末，設(shè)魚(yú)洞場(chǎng)。

民國(guó)元年（1912年）初，魚(yú)洞場(chǎng)為鄉(xiāng)級(jí)政區(qū)；民國(guó)十九年（1930年），始建魚(yú)洞鎮(zhèn)。

1951年12月，魚(yú)洞鎮(zhèn)析置大窩鄉(xiāng)。

1952年3月，洞鎮(zhèn)析置石板鄉(xiāng)（小壩鄉(xiāng)）；同年10月，魚(yú)洞鎮(zhèn)劃歸重慶市第四區(qū)。

1953年2月，劃回巴縣。

1954年1月，巴縣人民政府遷駐魚(yú)洞。

1974年，設(shè)立巴縣魚(yú)洞區(qū)。

1986年1月，撤銷(xiāo)魚(yú)洞區(qū)，設(shè)立區(qū)級(jí)魚(yú)洞鎮(zhèn)。

2001年7月，魚(yú)洞鎮(zhèn)、百節(jié)鎮(zhèn)2鎮(zhèn)合并設(shè)立魚(yú)洞街道。