1949年屬于三店鄉(xiāng)，1958年屬于洪山公社三店大隊，1961年屬于三店人民公社，1983年改為三店村，屬于三店鄉(xiāng)，1992年屬于桑營鄉(xiāng)，1998年屬于桑營鎮(zhèn)，2006年10月村級規(guī)模調(diào)整時撤銷閻寨（1994年地名補更時析閻營村委會閻寨、朱小莊、朱大莊置）、馬溝（1994年地名補更時析三店村委會馬莊、韓莊置）、趙新（1994年地名補更時析三店村委會趙營、新街、后傅莊置）、三店4村委會并稱今名。

以駐地三店集得名。